Ces vignes réimplantées nous donnent un aperçu de ce qu'était la vallée avant le 19e siècle, lorsque ses flancs étaient couverts de vignes.
En effet, alors que le climat du premier plateau jurassien est plutôt hostile à la vigne en raison de son humidité (entre 1100 et 1300 mm de précipitation), de sa fraîcheur (entre 18 et 20 °C pour les meilleurs mois) et de ses gelées fréquentes, la vallée de la Loue possède les avantages d'un automne très clément, d'une exposition favorable et d'une protection relative permise par l'encaissement de la vallée. Enfin, c'est justement le relief de la vallée qui impose un peu par défaut la viticulture, car en raison des pentes, il est possible d'y accueillir seulement des troupeaux d'ovins ou caprins ou des vergers et de la vigne.
La vigne aurait été implantée dans la vallée à partir du 9e siècle, en même temps que le prieuré de Mouthier-Haute-Pierre aurait été érigé. En 1840, les flancs de la vallée sont recouverts de vignes sur plus de mille hectares, surtout à l'amont de la Loue entre Mouthier-Haute-Pierre et Vuillafans.
Cependant, le 19e siècle marque le début d'un déclin pour le vin de la vallée. Alors que la Suisse commence à taxer les vins français, que l'Alsace commence à produire son propre vignoble et que l'ouverture à la navigation du canal Rhône-Rhin met le vin local en concurrence avec celui du Midi, les métayers de la vallée se tournent vers l'industrie qui leur promet de meilleures payes.
Le coup de grâce sera porté par les maladies de la vigne qui surviennent à la fin du siècle, d'abord l'oïdium en 1870, puis le phylloxéra en 1890. La première guerre mondiale achèvera d'enterrer toutes volontés de faire revivre le vignoble dans ses proportions d’antan.
Pourtant, après plusieurs décennies de végétation sous la forme d'un vignoble sentimental, la vigne semble être sur le point d'être réinstallée. En 1983, après une première initiative individuelle, la mairie de Vuillafans lance l'association RURANIM qui réussit à convaincre de nombreux souscripteurs de soutenir le développement d'un vignoble sur la commune. Mais l'association finit par périr. Plus de trois hectares de vignoble seront repris en 2015 par de jeunes vignerons et replantés en lyre, cette taille en deux rideaux de vigne qui forment un V pour une meilleure exposition et une moindre progression des maladies.
Les vins qui sont produits aujourd'hui ne sont plus exactement ceux qui l'étaient à l'origine. En rouge, le gamay, à l'origine considéré comme un mauvais plan pour la vallée, succède au pinot noir et au trousseau qui eux-même remplacent le pulsart et le noirin ; en blanc, le chardonnay et l'auxérrois remplacent le savagnin du Jura et le chasselas.