Dès le 5e siècle avec le développement du christianisme, Jougne sert de point de passage à travers le Jura.
Les moines empruntaient la vallée de la Jougnera, sur les traces de l'ancienne voie romaine, afin de rallier l'abbaye de Saint-Maurice à Agaune en Suisse depuis leurs monastères en Bourgogne. La chapelle qui se dresse aujourd'hui en contrebas de Jougne faisait partie d'un prieuré qui servait d'étape durant le pèlerinage. Elle fut bâtie au 12e siècle sur la base d'une crypte carolingienne toujours présente et datée du 9e siècle.